Além da lista das maiores empresas, a Exame elaborou o ranking das melhores empresas em 16 áreas distintas de atuação, a partir de indicadores financeiros e dados referentes à responsabilidade social e à sustentabilidade, sendo a nota final uma composição a partir dos pesos de 60%, 30% e 10%, respectivamente. A cooperativa Itambé, que atua no segmento de laticínios, foi escolhida a melhor cooperativa do agronegócio brasileiro, ficando em 62º lugar em faturamento em 2005.
No aspecto financeiro, foram considerados quatro indicadores: porte da empresa, crescimento, produtividade dos trabalhadores e a competitividade externa. Em responsabilidade social, mediu-se a capacidade da empresa de gerar empregos, renda e benefícios aos trabalhadores e impostos para a sociedade, bem como o empenho da companhia em apoiar ações sociais. Foram definidos 4 critérios: número de trabalhadores com carteira assinada em relação ao total da empresa, participação da folha de pagamento no faturamento, participação dos impostos no faturamento da empresa e a participação das despesas sociais (contribuições sociais, benefícios e doações) na receita total.
Por fim, em sustentabilidade, a análise levou em conta as ações que a empresa exerce para elevar sua produtividade, melhorar seus produtos e métodos de gestão, além das contribuições para preservação do meio-ambiente. A seguir, a tabela com as 16 maiores em cada área de atuação.

Fonte: Exame