A próxima grande observação da fisiologia da reprodução ocorreu mais ou menos 2000 anos depois, por Fallopius que descreveu o oviduto, por muito tempo chamado de Trompa de Falópio. Um aluno de Fallopius, chamado Coiter descobriu o corpo lúteo em 1573. Aproximadamente 100 anos depois um cientista chamado Regnier de Graaf descobriu o folículo antral, que recebeu o nome de Folículo de Graaf. Ele também sacrificou fêmeas de coelho a cada 30 minutos depois da copula e descobriu que se formavam cicatrizes no ovário (o que agora nos sabemos que é o local da ovulação) que normalmente correspondiam ao número de fetos presentes no útero. No entanto de Graaf pensava que o folículo inteiro era um ovo.
A tecnologia que revolucionou o estudo da fisiologia da reprodução foi a descoberta do microscópio pelo cientista holandês van Leeuwenhoek. Um estudante de medicina sugeriu a van Leeuwenhoek que o fluido seminal continha células vivas. Observando o fluido seminal no microscópio, van Leeuwenhoek descobriu que este continha pequenas partículas móveis, que ele chamou de "animalcules" (micro-animais). Em 1677 ele publicou um artigo em que relatava a descoberta de "animalcules" no sêmen de varias espécies. A partir dessa descoberta, começaram as especulações sobre a função dos "aminalcules". A mais aceita na época era que estes continham um individuo formado em miniatura.
A história registra como marco inicial da inseminação artificial o ano de 1780, quando o monge italiano de nome Lázaro Spallanzani demonstrou, pela primeira vez, ser possível a fecundação de uma fêmea sem o contato com o macho. Para tanto, ele colheu sêmen de um cachorro pela excitação mecânica e aplicou em uma cadela no cio, a qual veio a parir três filhotes, 62 dias mais tarde.
O processo de fertilização não foi descrito até a descoberta de que os folículos continham os óvulos, que eram os percussores do embrião. Um cientista chamado Dumas coletou corpúsculos de 1 mm de diâmetro dos folículos de coelhos. Essa descoberta permitiu Dumas concluir que os "animalcules", agora chamados espermatozóides, eram responsáveis junto com o óvulo pela produção do embrião. Em 1825, usando coelhos ele demonstrou que o espermatozóide era o agente da fertilização. Esta descrição da fertilização marca o início da fisiologia reprodutiva moderna.
Nos últimos cem anos ocorreu uma explosão de conhecimento nesta área. O reconhecimento de que as gônadas produzem os hormônios esteróides que agem nos tecidos reprodutivos; que a hipófise anterior controla o funcionamento das gônadas; a compreensão de que a fêmea apresenta uma ciclicidade reprodutiva e que a ovulação ocorre com uma freqüência previsível; o desenvolvimento do radioimunoensaio que permite a dosagem hormonal da fêmea e do macho, abriram caminho para os estudos da manipulação dos processos reprodutivos.
Entre 1940 e 1950, a compreensão da fisiologia do espermatozóide permitiu o desenvolvimento das técnicas de inseminação artificial em varias espécies.
Na década de 60 foi descoberto que a prostaglandina F2alfa regulava a duração do ciclo estral da maioria das fêmeas. A descoberta de que a prostaglandina F2alfa causava a destruição do corpo lúteo permitiu o início dos estudos da manipulação da duração do ciclo estral.
Uma vez um nível fundamental de compreensão da fisiologia da reprodução foi atingido, iniciou-se os estudos da manipulação dos eventos da reprodução, sendo este o maior foco das pesquisas em reprodução nos últimos anos. As técnicas para aumentar a reprodução são importantes, principalmente quando se considera as espécies produtoras de alimento. Pequenos aumentos na eficiência reprodutiva refletem em efeitos positivos na produção.
Porém, provavelmente no futuro haverá um aumento na demanda para o desenvolvimento de técnicas que limitem ao invés de aumentar a função reprodutiva. O crescimento da população humana deverá ser controlado, para que uma superpopulação no comprometa os recursos naturais e a qualidade de vida na terra. O crescimento das populações de animais de companhia também terá que ser controlado. Métodos de controle do crescimento da população de pragas (vermes e insetos) também serão baseados na manipulação da reprodução, para que o uso de produtos químicos não ameace o meio ambiente.
Portanto a demanda pelo conhecimento dos processos reprodutivos, em cada vez mais espécies, só tende a aumentar. Quase sem exceção, todas as pessoas querem saber mais sobre os processos reprodutivos, sejam estes relacionados com a reprodução humana, de animais de produção ou de companhia.
A Historia da Fisiologia da Reprodução: